SNP检测服务（KASP）

SNP介绍及其应用

   SNP（SingleNucleotidePolymorphisms）是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,在群体中的发生频率不小于1%。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。SNP在动物基因组中分布广泛,每一个核苷酸发生突变的概率大约为10^-9。由于选择压力,SNP在单个基因、整个基因组中以及种群间的分布是不均匀的。
   SNP分析技术按其研究对象主要分为两大类,即:一是对未知SNP进行分析,即找寻未知的SNP或确定某一未知SNP与某遗传病的关系。但这些方法只能发现含有SNP的DNA链,不能确知突变的位置和碱基类别,要想做到这一点,必须对那些含有SNP的DNA链进行测序。二是对已知SNP进行分析,即对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。由于人类基因工程的带动,许多物种都已开始了基因组的项目,并建立了大量数据库,比较这些来自不同实验室不同个体的序列,就可以检测到SNP。

合诺德利生物KASP技术优势

针对已知 SNP 进行分析， KASP 方法是指竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)，对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。通过两个位点特异探针以及2个荧光探针来检则多个SNP位点，以及利用开发的全自动一体化DNA抽提、荧光定量PCR工作平台，快速检测大量SNP位点，在医学、农学检测方面 KASP都有非常好的应用。

·         检测成本低；不需要每个SNP位点都去合成特异的荧光引物，它基于自己独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，这大大降低了试剂成本。合成的探针可用于上千样本的检测。

·         检测时间短；全自动的工作平台及超大通量，使得实验最短的时间内完成检测。

·         检测通量高；自动一体化DNA抽提、荧光定量PCR工作平台，使得能够批量操作96通道或384通道样品，处理及加样的一致性较好，实现大量样品及位点检测。

·         结果准确分型：基于终端荧光读取判断，每孔采用双色荧光检测一个样本的一个位点可能的两种基因型，不同的SNP模板对应不同的荧光产物。所以这项技术的准确度与金标准Taqman一致。

·         一站式服务：从提供生物样本开始，进行探针设计、DNA抽提、检测到分析结果。提供省心省力的一站式服务。

SNP检测流程

KASP 技术介绍

完全标准化的PCR扩增程序

文章引用

KASP基因分型技术及产品已被有越来越多的文章引用，至今已超过2000全球客户的文章中引用。

A KASP Genotyping Method to Identify Northern Watermilfoil, Eurasian Watermilfoil, and Their Interspecific Hybrids
Eric L. Patterson, Margaret B. Fleming, Kallie C. Kessler, Scott J. Nissen, Todd A. Gaines Front Plant Sci. 2017; 8: 752. Published online 2017 May 8. 
Validating DNA Polymorphisms Using KASP Assay in Prairie Cordgrass (Spartina pectinata Link) Populations in the U.S.Hannah Graves, A. L. Rayburn, Jose L. Gonzalez-Hernandez, Gyoungju Nah, Do-Soon Kim, D. K. Lee Front Plant Sci. 2015; 6: 1271. Published online 2016 Jan 22.

Fine Mapping of Ur-3, a Historically Important Rust Resistance Locus in Common Bean Oscar P. Hurtado-Gonzales, Giseli Valentini, Thiago A. S. Gilio, Alexandre M. Martins, Qijian Song, Marcial A. Pastor-Corrales G3 (Bethesda) 2017 Feb; 7(2): 557–569. Published online 2016 Dec 27. 
Comparison of Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) and genotyping by sequencing (GBS) for quality control analysis in maize Berhanu Tadesse Ertiro, Veronica Ogugo, Mosisa Worku, Biswanath Das, Michael Olsen, Maryke Labuschagne, Kassa Semagn BMC Genomics. 2015; 16: 908. Published online 2015 Nov 6. 
Saturation Mapping of a Major Effect QTL for Stripe Rust Resistance on Wheat Chromosome 2B in Cultivar Napo 63 Using SNP Genotyping Arrays Jianhui Wu, Qilin Wang, Shengjie Liu, Shuo Huang, Jingmei Mu, Qingdong Zeng, Lili Huang, Dejun Han, Zhensheng Kang Front Plant Sci. 2017; 8: 653. Published online 2017 Apr 26. 
Development of SNP Genotyping Assays for Seed Composition Traits in Soybean Gunvant Patil, Juhi Chaudhary, Tri D. Vuong, Brian Jenkins, Dan Qiu, Suhas Kadam, Grover J. Shannon, Henry T. Nguyen Int J Plant Genomics. 2017; 2017: 6572969. Published online 2017 May 25.
The eyespot resistance genes Pch1 and Pch2 of wheat are not homoeoloci M. Pasquariello, J. Ham, C. Burt, J. Jahier, S. Paillard, C. Uauy, P. Nicholson Theor Appl Genet. 2017; 130(1): 91–107. Published online 2016 Sep 24. 
SNP identification and marker assay development for high-throughput selection of soybean cyst nematode resistance Zi Shi, Shiming Liu, James Noe, Prakash Arelli, Khalid Meksem, Zenglu Li BMC Genomics. 2015; 16(1): 314. Published online 2015 Apr 18. 
Screening of whole genome sequences identified high-impact variants for stallion fertility Rahel Schrimpf, Maren Gottschalk, Julia Metzger, Gunilla Martinsson, Harald Sieme, Ottmar Distl BMC Genomics. 2016; 17: 288. Published online 2016 Apr 14.
Application of in silico bulked segregant analysis for rapid development of markers linked to Bean common mosaic virus resistance in common bean Marco H Bello, Samira M Moghaddam, Mark Massoudi, Phillip E McClean, Perry B Cregan, Phillip N Miklas BMC Genomics. 2014; 15(1): 903. Published online 2014 Oct 16.